Ο Ν.Ε. Φαραντούρης ασχολείται με θέματα ευρωπαϊκού δικαίου, δικαίου του ανταγωνισμού, ελευθέρωσης αγορών, δικαίου της ενέργειας και μεταφορών, προστασίας του περιβάλλοντος και διεθνούς οικονομικού δικαίου. Έχει δημοσιεύσει 11 μονογραφίες, βιβλία και επιμέλειες επιστημονικών τόμων και περισσότερα από 50 άρθρα και μελέτες σε διεθνή περιοδικά και σειρές όπως: European Papers, European Competition Law Review (ECLR), Revue du Marché Commun et de l’ Union européenne (RMCUE), Revue de l’ Energie, Journal of International and Comparative Environmental Law, Revue des Affaires Européennes (RAE), European State Aid Law Quarterly (EStAL) κ.α.